La Facultad de Ciencias Agrícolas de la Universidad Autónoma de Chiapas surge en septiembre de 1975 para dar respuesta a las necesidades de la región del Soconusco, predominantemente agrícola y ganadera. Esta facultad nace a iniciativa de un grupo de agrónomos de la región del Soconusco y de la decisión del Dr. Manuel Velasco Suárez, entonces Gobernador Constitucional del Estado.
En mayo de 1975 siendo rector de la Universidad el C.P. Federico Salazar Narváez, les solicitó a este grupo de profesionales que elaboraran el plan y programas de estudio, los cuales se formularon con información de las diversas escuelas de educación agrícola superior del país, ofertando la carrera de Ingeniero Agrónomo con especialidades en Fitotecnia, Parasitología y Zootecnia.
Aprobado el plan de estudio, con duración de 9 semestres, la Escuela de Ciencias Agrícolas inició sus actividades académicas en septiembre del mismo año, en las instalaciones de la escuela primaria “Teófilo Acevedo” de Tapachula, albergando 75 alumnos. De 1976 a 1978 la escuela funcionó en las instalaciones que hoy ocupa la Facultad de Contaduría Pública del Campus IV de la UNACH. En 1978 y gracias a la donación de 40 hectáreas por personas de la región, la escuela se establece en definitiva en el municipio de Huehuetán.
En 1978 amplía sus instalaciones con la donación de 217 Hectáreas del entonces rancho “Chilpancingo” para prácticas de campo en agricultura y ganadería. En los años siguientes (1979-1985) se fortaleció la infraestructura (rancho para docencia y producción, autobuses, aulas, laboratorios, etc.), y se realizó el cambio de Área por Escuela de Ciencias Agrícolas.
En mayo de 1994, la Escuela adquiere el rango de “Facultad de Ciencias Agrícolas” mediante el inicio de la impartición de estudios de Posgrado (Maestría en Ciencias en Agricultura Tropical, Maestría en Ciencias en Ganadería Tropical y Doctorado en Ciencias en Agricultura Tropical), siendo este último, el primer programa de Doctorado que se ofreció dentro de la Universidad Autónoma de Chiapas.
Después de 18 años de haberse fundado, la Escuela de Ciencias Agrícolas, realiza una reforma de su plan de estudios en el marco del Proyecto Académico 1991-1994, reestructurándose el plan de estudios de la licenciatura de Ingeniero Agrónomo Tropical, el cual tiene una duración de 10 semestres, con 63 asignaturas que hacen un total de 433 créditos. Este plan de estudios se estructura en 7 áreas de conocimiento: matemáticas y física aplicada, química y suelos, biología, agronomía, socioeconómico-administrativas, fisiología y genética y formación complementaria; con inscripción semestral.